新風系統和空氣凈化器雖然在空氣凈化上存有差異，但兩者并不是對立關系，也不是替代關系，而是可以相輔相成的。首先，兩者的概念不同，空氣凈化器以凈化為主要功能，是專業凈化空氣的工具，但它只是對局部的空氣起到凈化作用。而新風系統則主要是對室內的空氣起到改善的作用，為室內提供新鮮空氣，改善室內的氧氣濃度，以滿足人體的需要。

　　以室內污染物的種類為例來講，真正的室內污染主要是粉塵污染和二氧化碳污染。粉塵污染主要是由于開窗造成的，這個可以使用空氣凈化器解決；二氧化碳污染，主要是由于在關窗情況下人體自身吸收氧氣呼出二氧化碳造成，這就需要新風系統幫助室內通風換氣來解決。現在的新風系統雖然也加上了過濾的功能，能夠過濾掉室外空氣的污染物，但與專業的凈化器相比，還是稍有遜色的。由上所述得出，開窗會導致粉塵污染，關窗會導致二氧化碳污染，所以，如果將空氣凈化器和新風系統結合使用效果將會更佳。