根據兩部門的要求，參保人員跨省異地就醫前，應到參保地經辦機構進行登記。參保地經辦機構將異地就醫人員信息上報至人社部社會保險經辦機構，形成全國異地就醫備案人員庫，供就醫地經辦機構和定點醫療機構獲取異地就醫參保人員信息。參保人員異地就醫出院結算時，就醫地經辦機構根據全國統一的大類費用清單，將異地就醫人員住院醫療費用等信息經國家異地就醫結算系統實時傳送至參保地經辦機構，參保地經辦機構將計算結果經國家異地就醫結算系統回傳至就醫地定點醫療機構，用于定點醫療機構與參保人員直接結算。

  通知明確，跨省異地就醫原則上執行就醫地支付范圍及有關規定（基本醫療保險藥品目錄、診療項目和醫療服務設施標準）；基本醫療保險統籌基金的起付標準、支付比例和最高支付限額，原則上執行參保地政策。就醫地經辦機構應將異地就醫人員納入本地統一管理，在定點醫療機構確定、醫療信息記錄、醫療行為監控、醫療費用審核和稽核等方面提供與本地參保人員相同的服務和管理，并在與定點醫療機構協議管理中予以明確。

  兩部門提出，新農合由其他部門管理的統籌地區，其參合人員需要到北京、上海、廣東等已實現城鄉居民基本醫療保險管理體制和制度整合的省份就醫，統籌地區應預留社保信息系統接口，確定信息系統對接相應業務流程，通過參保地系統對接為確有需要的參合人員提供跨省異地就醫直接結算服務。