一是自然保護(hù)區(qū)內(nèi)違法違規(guī)現(xiàn)象比較普遍。多年來，國務(wù)院及環(huán)境保護(hù)部、國土資源部、國家林業(yè)局等部委多次聯(lián)合發(fā)文對自然保護(hù)區(qū)有關(guān)問題進(jìn)行解釋、補(bǔ)充、規(guī)范。但從公開數(shù)據(jù)看，自然保護(hù)區(qū)內(nèi)違法違規(guī)現(xiàn)象仍然比較普遍。

    環(huán)境保護(hù)部南京環(huán)科所2016年對衛(wèi)片數(shù)據(jù)分析的結(jié)果顯示，我國2013年公布的407個國家級自然保護(hù)區(qū)中，405個存在人類活動現(xiàn)象，人類活動斑塊總面積為242.43萬公頃，占國家級自然保護(hù)區(qū)總面積的2.58%。從第一批中央環(huán)保督察公布的反饋情況來看，自然保護(hù)區(qū)違法違規(guī)問題不僅僅是甘肅省獨有的問題，內(nèi)蒙古、黑龍江、寧夏等多個省區(qū)相當(dāng)數(shù)量的省級以上自然保護(hù)區(qū)內(nèi)普遍存在數(shù)量多、規(guī)模大、范圍廣的農(nóng)業(yè)開發(fā)整治、礦產(chǎn)探采、旅游開發(fā)等違法違規(guī)開發(fā)建設(shè)問題。

    二是監(jiān)管執(zhí)法主體監(jiān)管不到位、執(zhí)法不嚴(yán)的問題比較突出。自然保護(hù)區(qū)條例規(guī)定，“國家對自然保護(hù)區(qū)實行綜合管理與分部門管理相結(jié)合的管理體制，即國務(wù)院環(huán)境保護(hù)行政主管部門負(fù)責(zé)全國自然保護(hù)區(qū)的綜合管理，林業(yè)、農(nóng)業(yè)等有關(guān)行政主管部門在各自的職責(zé)范圍內(nèi)，主管有關(guān)的自然保護(hù)區(qū)”。條例要求有關(guān)主管部門成立自然保護(hù)區(qū)管理機(jī)構(gòu)對自然保護(hù)區(qū)進(jìn)行管理，但在實際執(zhí)行過程中，無論是國家級還是省級以下的自然保護(hù)區(qū)，保護(hù)區(qū)管理機(jī)構(gòu)一般由各級政府設(shè)立，大部分為市縣地方政府直屬機(jī)構(gòu)，有的國家級自然保護(hù)區(qū)甚至由縣政府部門的內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)代管。

    在實際的職能履行過程中，由于“官帽子”和“錢袋子”都是由地方政府管理，在經(jīng)濟(jì)發(fā)展和自然保護(hù)區(qū)保護(hù)的博弈過程中，地方政府經(jīng)常會給保護(hù)區(qū)管理部門施以壓力。此外，大部分的保護(hù)區(qū)管理機(jī)構(gòu)未設(shè)置公安派出機(jī)構(gòu)，無法進(jìn)行執(zhí)法，對很多違法違規(guī)問題難以監(jiān)管；而地方各級環(huán)保部門雖然被授權(quán)可以對本行政區(qū)域內(nèi)各類自然保護(hù)區(qū)的管理進(jìn)行監(jiān)督檢查，但在實際的操作過程中，由于隸屬關(guān)系不同和職務(wù)層級的差別，市縣兩級環(huán)保部門甚至很難進(jìn)入自然保護(hù)區(qū)，很多情況下是有心無力。當(dāng)然，由于一直以來的自然保護(hù)區(qū)的松散管理以及在一些具體問題上要求不明確、可操作性差等原因，部分自然保護(hù)區(qū)管理機(jī)構(gòu)和地方環(huán)保部門對違法違規(guī)問題不按要求進(jìn)行監(jiān)管和執(zhí)法的問題也比較突出。祁連山國家級自然保護(hù)區(qū)和中央環(huán)保督察反饋意見中的自然保護(hù)區(qū)監(jiān)管執(zhí)法問題，主要是以上因素的具體表現(xiàn)。

    三是自然保護(hù)區(qū)權(quán)利人身份不明確，地權(quán)林權(quán)不清晰。我國設(shè)立了大量的不同級別、不同類別的自然保護(hù)區(qū)，保護(hù)區(qū)條例也明確了國家級、地方級自然保護(hù)區(qū)由有關(guān)主管部門進(jìn)行管理，但對自然保護(hù)區(qū)的權(quán)利人身份、主管部門的權(quán)責(zé)，權(quán)利受損如何維權(quán)等問題未進(jìn)行明確，這就導(dǎo)致自然保護(hù)區(qū)在管理上比較松散，無權(quán)利人對權(quán)利受損進(jìn)行維權(quán)，各類違法違規(guī)問題更是無法杜絕。特別是一部分自然保護(hù)區(qū)在設(shè)立之初就存在各種硬傷，很多自然保護(hù)區(qū)在計劃設(shè)立時就未征求擬納入自然保護(hù)區(qū)范圍內(nèi)所有土地、林地權(quán)利人、歷史存在的鎮(zhèn)村負(fù)責(zé)人、企業(yè)、農(nóng)田等各類生產(chǎn)生活設(shè)施權(quán)利人的同意，未通過補(bǔ)償、置換、征用等措施與原來的權(quán)利人達(dá)成協(xié)議，條例也未對解決這些歷史遺留的問題進(jìn)行明確規(guī)定。雖然國土資源部曾經(jīng)發(fā)文明確土地權(quán)屬不影響管理權(quán)限，但在實際執(zhí)行上難度很大，因此產(chǎn)生的發(fā)展和保護(hù)之間的矛盾時常發(fā)生。另外，權(quán)利人的不明確也導(dǎo)致自然保護(hù)區(qū)的主管部門以及所在地的地方各級政府不愿意主動投入大量的資金來解決這些歷史遺留問題，導(dǎo)致部分自然保護(hù)區(qū)內(nèi)的生態(tài)破壞問題持續(xù)惡化。

    四是條例與其他法律銜接不暢的問題比較普遍。部分行業(yè)的法律對保護(hù)區(qū)內(nèi)規(guī)劃項目的審批實施有著嚴(yán)格的要求，但由于條例位階相對較低，有的法律、部門規(guī)章等對自然保護(hù)區(qū)的保護(hù)未提及，致使其他部門尤其是規(guī)劃、項目的審批部門，對其認(rèn)識不到位，在審批過程中容易忽略。例如在扎龍、撓力河、黃河濕地等濕地類型的自然保護(hù)區(qū)內(nèi)批準(zhǔn)并實施大規(guī)模的農(nóng)業(yè)開發(fā)項目，大范圍地破壞濕地、草地等生態(tài)系統(tǒng)；在肇源沿江濕地等自然保護(hù)區(qū)的河道內(nèi)批準(zhǔn)河道采砂規(guī)劃并發(fā)放采砂許可證，在朱鹮等自然保護(hù)區(qū)內(nèi)批準(zhǔn)并延續(xù)探礦采礦證違法開山采石，對保護(hù)區(qū)的野生動植物及生態(tài)系統(tǒng)產(chǎn)生嚴(yán)重破壞，無法恢復(fù)。

    五是法律的規(guī)范性不足，違法責(zé)任和違法成本太低。條例制定和實施于上世紀(jì)90年代，隨著經(jīng)濟(jì)社會快速發(fā)展轉(zhuǎn)型、對生態(tài)環(huán)境價值認(rèn)識的不斷提高，當(dāng)年立法時所規(guī)定的違法責(zé)任和違法成本相對違法行為已經(jīng)太低，無法對違法行為進(jìn)行有效引導(dǎo)和規(guī)范。條例第四章法律責(zé)任部分中，部分違法行為無配套的罰則，有的罰則僅僅是恢復(fù)原狀，罰款最多不到1萬元人民幣，對違法者基本無能力約束，很難強(qiáng)制實施。對大部分違法違規(guī)責(zé)任僅僅是原則性條款，基本無法執(zhí)行。