目前，國家重點生態功能區存在著以下幾方面問題：

    一是部分生態環境質量指標不達標成為國家重點生態功能區的突出短板。隨著我國經濟下行壓力加大，有些縣域環保工作和投入力度減弱，部分領域環境治理有所放松。一些企業環境治理意愿下降，提標改造不及時、擅自停運治污設施，甚至弄虛作假、偷排漏排情況時有發生，嚴重影響了縣域轄區重點生態功能區的生態保護與環境治理，導致部分環境質量不達標，成為國家重點生態功能區的突出短板。

    二是縣域農村環境保護問題比較突出。農村環境整治工作未能形成有效合力，一些地方財政補助政策不足，把財政困難當借口，造成部分地區農村環境綜合整治工作嚴重滯后。農村衛生環境臟、村莊布局亂、基本公共服務滯后的現象尚未得到根本性改觀。農村面源污染嚴重，農藥化肥大量使用，畜禽養殖污染未得到有效治理，在某些區域已成為影響國家重點生態功能區水環境的重要原因。

    三是國家重點生態功能區縣域保障力度不夠。有些地方國家重點生態功能區生態環保工作合力不足，部分政府部門環保職能分散交叉等問題突出，沒有完全形成政府統一領導、各職能部門齊抓共管的工作格局，削弱了國家重點生態功能區環境監督管理的合力。同時，國家重點生態功能區生態環保多渠道投融資機制尚未形成，多渠道、多層次、全方位的投融資機制有待完善。

    四是國家重點生態功能區縣域生態環保監管能力不足。縣域環保監管執法人員數量不足，導致國家重點生態功能區監管能力與執法需求之間的矛盾突出。生態環保執法裝備技術水平仍然滯后，國家重點生態功能區縣域監測與監察聯動機制目前尚不完善，環境質量、重點污染源、生態狀況監測等尚未能實現全覆蓋，各級各類監測數據系統還不能完全實現互聯共享，難以適應新常態下國家重點生態功能區環境監管執法的需要。

    五是個別地方國家重點生態功能區“黨政同責、一崗雙責”制度落實不夠到位。個別地方領導思想認識有偏差，對國家重點生態功能區決策部署理解不夠透徹，片面追求GDP增長，存在重經濟發展輕環境保護的現象。這些錯誤的思想認識導致部分干部對國家重點生態功能區問題的嚴重性和污染治理的緊迫性認識不足，沒有真正把國家重點生態功能區工作擺到重要位置，導致部分重點工作難以落地。

    為了科學監測考核生態功能區環境質量，筆者提出以下幾點建議：

    第一，以環境質量為核心，盡快適應國家重點生態功能區監測評價指標體系的變化。《通知》要求，空氣質量指標由原來的3項污染物（二氧化硫、二氧化氮、可吸入顆粒物）增加至6項污染物（二氧化硫、二氧化氮、可吸入顆粒物、細顆粒物、臭氧、一氧化碳）。在涉水縣域境內主要河流、湖庫布設監測點位，同時開展縣城在用集中式飲用水水源地水質監測。新增土壤環境質量指標，并在自然生態指標中增加了生態保護紅線內容，將原來的“受保護區域面積比”調整為“生態保護紅線等受保護區域面積所占比例”。將“污染源排放達標率”“主要污染物排放強度”和“城鎮污水集中處理率”3個技術指標調整為監管指標，并將“主要污染物排放強度”作為專項指標進行評價。

    二是深化生態環保體制改革，科學優化國家重點生態功能區監測工作模式。以垂直管理制度改革試點為契機，理順國家、省、市、縣環保部門的職能，提升國家重點生態功能區環境執法能力和水平。《通知》要求，自然生態監測工作由國家統一組織實施；環境質量監測工作包括環境空氣質量監測、水環境質量（含飲用水水源地水質）監測和土壤環境質量監測點位，除目前的國控點外，其余點位全部設為省控點位，土壤環境質量監測點位均為國控點位，由國家統一組織布設。國控點由國家組織監測，省控點位由省級環境保護部門組織監測。

    三是壓實國家重點生態功能區“黨政同責、一崗雙責”，增強保護縣域生態的使命感。抓緊建立國家重點生態功能區責任清單，壓實各級各部門責任。建立完善國家重點生態功能區環保督察工作機制。強化考核問責，考核結果要作為地方領導班子和領導干部綜合考核評價的重要依據；對不顧生態環境盲目決策，導致國家重點生態功能區環境質量惡化的領導干部，要終身追責。