通知明確，省級新農合經辦機構負責異地就醫結算資金歸集的組織協調。跨省就醫結算的基金支付部分可在省際間實行先預付后結算，預付資金額度為可支付2個月資金。跨省異地就醫預付及結算資金由參合地省級財政專戶與就醫地省級財政專戶進行劃撥。新農合由衛生計生部門管理且沒有設立省級經辦機構的地區，可委托商業保險公司等金融機構開展省內及跨省異地就醫結算工作。委托具有資質的商業保險機構成立省級結算中心的地區，可在省級結算中心開設專門用于異地就醫費用結算的賬戶。商業保險機構專門賬戶產生的利息收入定期轉入財政專戶。

　　通知提出，為加快推進異地就醫結算工作，對于就醫地新農合交由其他部門管理的省（區、市），可由商業保險公司等金融機構先行向就醫地定點醫療機構結算墊付資金，參合地省級經辦機構在審核后提請同級財政部門將墊付資金從財政專戶撥入商業保險公司等金融機構賬戶。