《首都衛生發展科研專項管理辦法》指出，項目承擔單位轉化科技成果所獲得的收入全部留歸單位，納入單位預算。可以將科技成果轉化所獲收益的70%及以上的比例，用于對科技成果完成人和為科技成果轉化作出重要貢獻的人員的獎勵和報酬。國有企事業單位應當將轉化科技成果所獲收益中用于人員的獎勵和報酬支出，一次性計入當年本單位工資總額，但不受當年本單位工資總額限制。

　　《辦法》強調，在兼顧數據保密與安全的原則下，研究產生的科學數據應當向社會開放共享。同時，建立成果庫并實施科技成果定期報告制度。

　　《辦法》以突出衛生與健康行業特色為原則，對項目定位進行了明確。其中，在支持項目類型上，確定為重點攻關項目、自主創新項目、基層普及項目和青年優才項目4類。同時，將項目申請單位范圍拓寬為醫學研究機構，鼓勵全行業科研機構參與項目。

　　與此前試行辦法相比，《辦法》增加了項目負責人在原始數據保存、數據共享、倫理管理方面的職責，增加了項目承擔單位在項目全過程監管、數據共享、不良事件記錄、報告和處理、成果轉化及知識產權保護、檔案管理等方面的職責。對科研失信行為、項目管理失信行為等強化懲罰力度