洪武十八年，一起震動朝野的大案——戶部侍郎郭桓盜賣官糧案爆發。此案牽連全國的十二個布政司以及中央六部，涉案人員達數萬人。朱元璋通過這件案子幾乎將大明官場中的腐敗分子懲治了一個遍。

為了不讓官吏禍害老百姓，朱元璋想過很多措施，“糧長制”是其中之一。當時規定每一萬石稅糧為一個納稅區，每個納稅區都是由當地富戶中最有實力的人擔任糧長，以負責稅糧的催征輸解。為了鼓勵糧長能夠忠誠地服務于自己的帝國，朱元璋給了他們十分優厚的生存條件。甚至不惜打破吏不為官的傳統，讓糧長有機會直接晉級官員，甚至高級別的官員。“糧長”這個位置還具有世襲效應，老子是“糧長”，兒子也是“糧長”，這就是“永充制”。

“糧長”這種有權無職的地方辦事人員，之所以有著很強的誘惑力，主要是因為能夠從征收稅糧的過程中撈取灰色利益。除了依托納糧來撈取灰色收入，一些糧長還想出各種辦法中飽私囊。

事發地是應天、鎮江等五個州、府。洪武十七年的夏稅秋糧，應天、鎮江等五個州府，沒有一粒糧食提交國庫。這幾個地方是朱元璋當年平定天下的根據地。民田稅糧全免，可當地還有幾十萬畝官田征收的糧食跑到哪里去了？拔出蘿卜帶出泥，由應天、鎮江等五個州、府引發的征糧腐敗案牽涉的細枝末節非常龐雜，但這個案子的最終指向都系于一個人，就是戶部分管征糧工作的侍郎郭桓。當地官吏勾結戶部侍郎郭桓等將本應入倉的稅糧全部私分了。這還只是京城附近地區，發生在皇帝眼鼻子底下的事情；在那些稍微遠一點的地區——揭露出來的問題更加嚴重。郭桓等人幾年之內連貪污帶盜賣再加上摻水毀掉的官糧，給大明朝造成了2400萬石糧食的損失，而這相當于當時整個國家一年的收入。朱元璋于是成立了專案組，不光要查，而且要一查到底。

朱元璋查辦案件的方法很簡單，那就是一竿子插到底，從哪兒來的賄賂，就查到哪兒。當時許多官員白天貪污，晚上就被揭發。朱元璋的巨型大網已經撒下，對郭恒同黨的追查在全國范圍內陸續展開。在嚴格的追查之下，朱元璋很快發現，六部的所有官員幾乎都成了郭桓的同犯，所有侍郎（副部長）以下官員都卷入其中。

最終的結果令所有人都感到震驚。《大誥》中說“天下諸司盡皆贓罪”，帝國權力系統中省部級官員幾乎全部涉案。從六部往下，到地方各級官吏，牽涉此案而死者，達數萬人之多。為了追贓，還牽連到全國各地的糧長富戶，遭到抄家處罰的不計其數。