隨著城市的快速發展，園區內出現河水水質惡化、本地動植物減少、公園內部道路設置不合理、休憩設施不足、硬質擋墻阻礙使用功能等生態與功能方面的問題。

　　萬綠園生態修復和功能修補改造工程2017年7月啟動，開展生態修復，加強海綿城市建設，完善綜合性服務設施。通過此次改造工程，共計增加游覽面積21.4公頃，占總面積比例約30%。

　　通過生態修復，完善園區功能。將閑置空間充分利用，根據不同人群活動特點增設特色場地，如兒童活動樂園、健身活動區。在濱水區域種植紅樹及伴生植物等，選種紅樹品種有10種，數量達到4萬株，水質好轉，魚類增加，吸引白鷺回歸。海口萬綠園生態修復工程第一階段計劃春節前全面完工，第二階段預計2018年年底完工。