他表示，首先，在新的歷史階段下，粵港澳大灣區城市要進行高水平產業協同合作尤其在科技創新和金融領域。過去珠三角城市間是“前店后廠”簡單的產業分工。但是因為今天每個城市都發展到相對高的水平，應該把各自的優勢發揮出來，打通產業群，令相關產業在整個區域，甚至在全球能夠逐漸取得領導性的地位。

　　其次，應該在公共服務和社會政策方面進行協同合作，構建共同的生活家園。如銀行、交通、教育、醫療配套等，如果港澳和內地生活服務類行業的配套措施沒有真正打通，那么真正意義上的共同生活圈是做不到的。

　　第三，重大基礎設施應該共建共享。他表示，深圳、香港都面臨著重大基礎設施布局的困難的問題，可以考慮跳出各自地域行政范圍，從大灣區角度來想重大基礎設施共建共享的問題。如，灣區內的垃圾處理廠、港口、機場，都面臨著今后能不能協調發展的問題。比如深圳和香港都要建新的垃圾處理焚燒場，如果能夠從大灣區的維度來布局這些設施，在無人島上共建大型的垃圾焚燒場，每個城市都用船把垃圾運到上面處理，這樣就解決垃圾處理的選址問題。

　　方舟還表示，落馬洲河套地區是港深合作的一個重要平臺，未來非常有發展潛力的。港深雙方應積極推動這個平臺建設，使之成為國家的一個重要平臺，成為真正意義上港深合作的創新平臺。