《規劃》指出，2018年~2020年，南京市將全面加強醫療衛生機構創新能力建設，到2020年有5個臨床醫學專科進入國內排名前十。到2020年，全市三級醫院均配有與其開展臨床研究、衛生科技創新相適應的市級以上重點實驗室，建成統一數據庫管理下的臨床生物樣本庫，建成1個~2個國家級重點醫學研究實驗室，新增2項~3項國家級醫學科研重點項目，建設10個轉化醫學中心，建成一批擁有自主知識產權的衛生科技成果轉化項目。

《規劃》提出，到2020年，南京市建成10個院士工作站，新增1名~2名國家級醫學杰青，培養180名中青年衛生科技骨干人才；全面實施住院（全科）醫師及護士規范化培訓；在基層醫療衛生機構推廣應用20項~30項農村適宜衛生技術，切實提升基層醫療衛生機構解決臨床實際問題的能力；加強兒科、精神、康復、全科等緊缺專科（專業）人才培養和引進；實施“區管院用”的基層衛生人才引進辦法，通過醫聯體、項目聘用、任務借用、人才租賃等方式，促進衛生人才合理流動。