1、過濾原理不同

　　空氣過濾棉是采用物理過濾的方式，而生化棉采用的是生物過濾。

　　物理過濾使用到的過濾原理：慣例原理、無規則布朗運動、吸附原理、靜電原理、重力原理

　　生化棉的過濾：生化棉也有物理過濾的作用，但是最主要的作用是培養硝化細菌來分解水中的有害物質。

2、顏色與規格的不同

　　空氣過濾棉：常見顏色有白色、綠白、藍白

　　空氣過濾棉規格：尺寸較大，常見的寬度有0.8米、1.6米、2米，長度有14米、21米，厚度有5毫米、10毫米、15毫米、20毫米、22毫米、50毫米、60毫米。

　　生化棉：綠色、藍色、黑色、白色、標準色。

　　生化棉規格：常見的尺寸有寬1米，長1米、2米，厚38毫米。

3、過濾材料、密度、結構不同

　　空氣過濾棉：使用合成纖維、玻璃纖維、活性炭。

　　生化棉：聚醚、聚酯

　　空氣過濾棉的密度要大于生化棉，結構緊密，相比空氣過濾棉，生化棉的密度大，比較疏松。生化棉的彈性要比空氣過濾棉好。

4、使用壽命與用途不同

　　空氣過濾棉，使用壽命在半年時間左右，生化棉的維護周期在2-3個月，而且清洗后可以重復使用。

　　空氣過濾棉主要用在工業的噴涂、過濾上，例如汽車噴烤漆房、無塵車間、食品生產、空氣冷卻、電子產品的生產加工等，作用是過濾掉空氣中的灰塵雜質。

　　生化棉主要用在養殖業，適用于海水缸、淡水缸和水草缸等觀賞類水族箱，培養的硝化細菌能夠分解水中有毒的氨氣、NH4、二氧化氮。